手把手教你做出RT-qPCR最美曲线系列:如何评估RNA质量? RNA浓度评估 首先我们先来复习一下OD260、OD280、OD230的含义。核酸分子所含的嘌呤和嘧啶碱基具有共轭双键︽,在260nm波长处有最大吸收峰,因此,核酸的最大吸收波长为260nm,但它无法区分出DNA、RNA、降解核酸、游离核苷酸等杂质;蛋白质分子中常含¤有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸等苯环结构,通常在280nm处有最大吸收峰;而碳水化合物,多肽,苯酚、EDTA等污染物的最大吸收峰则在230nm处,如图1。 对于RNA的浓↓度来说,根据朗伯-比尔定律可计算出在波长260nm的紫外线下,1个OD值的光密度大约相当于40µg/ml的RNA[1],即RNA的浓度(µg/µl)= OD260×40×稀释倍数/1000。比如OD260为0.16,2µl样№本稀释至200µl,即稀释倍数为100,RNA的浓度(µg/µl)= 0.16×40×100/1000µg/µl=0.64µg/µl。 RNA纯度评估 1)OD260/280<1.8,可能有蛋白质或基因组的残留; 由图2可看出,若泳道上部有明显的高分子量杂带,则可能是有DNA的残留,不建议用于后续的qPCR实验,会对实验的准确性造成影响(图2左);若在胶孔处有比较亮的着色成分,则是有蛋♀白质的残留(图2右)。 RNA完整性评估 除了浓度、纯度外,RNA完整性也是判断RNA质量的重要指标。RNA完整性一般可通过琼脂糖凝胶电泳来进行评估。总RNA中占比达80%以上的是核糖体RNA(rRNA),因此,胶图呈现的结果主要是〖rRNA。 对于真核生物来说,高质量的RNA通常有三条带,最亮的是28S,其次是18S,最淡的是5S。28S条带亮度应为18S条带亮度的2倍(图3左),若RNA呈现弥散状,表明RNA已降解(图3右)。 小翌在与小伙伴交流的过程中发现,很多实验室没有跑RNA琼脂糖凝胶电泳的习惯,也不清楚RNA的电泳需注意哪些要点,小翌在此做些科普: 2)缓冲液和琼脂糖凝胶都需新配制,采用RNase-free H2O配制电泳缓冲液; 3)关于marker的选择,建议使用RNA marker; 4)RNA电泳宜使用高电压短时间的方法,以防电泳过程中RNA的降解。 精品推荐 ◎ 产品特点 ◎ 案例展示 相关产品 类别 产品名称 货号 规格 目录价/元 促销价/元 RNA 提取 10606ES60 100mL 553 320 19231ES50 50T 1183 828 19221ES50 50T 893 625 19292ES50 50T 1255 878 逆转录 Hifair® Ⅲ 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus) 11141ES60 100T 1383 798 qPCR 11184ES08 5*1mL 663 买5送1 买10送3 买20送8 买40送20 【1】Freifelder, D., Physical Biochemistry: Applications to Biochemistry & Molecular Biology, W.H. Freeman and Company, CA, 1982, p. 494-536. 往期·推荐 干货分享|一文全面解读迷之又迷的260/280、260/230
图1. 核酸、蛋白质、污染物的最大吸收峰(图源网络)
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